- Российская академия наук – 1
- Отраслевые научные организации – 2
- Высшие учебные заведения – 7
- Компании реального сектора экономики: Ф-Л Газпромбанк (ОАО) в г. Томске, ЗАО «Сибирская Аграрная группа», ЗАО «ГазХимпромИнвест», ФГУП «Сибирский химический комбинат», ЗАО «Томское пиво», ЗАО «ТомскХимфармСтандарт», ЗАО «Восток».
- Инновационные компании-резиденты ОЭЗ г. Томска: ЗАО «ЭлеСи», ЗАО «Элекард», ООО «НИОСТ», ООО «Контек-Софт», ЗАО «СИАМ».
- ОАО «Особая экономическая зона г. Томск».
Совместно с другими организациями с 2006 г. реализуются следующие долгосрочные проекты: «Бизнес-инкубатор как базовая образовательная площадка», «Межвузовский центр подготовки кадров для резидентов ОЭЗ г. Томска».